No es exactamente asi. Si cambias la plantilla, no vas a borrar nada. Solo que el nombre de las posiciones de la plantilla nueva no corresponderan con la anterior y los modulos del cart de la compra o cualquier otro, aún estando ahi y activados, no se veran.
Para entenderlo mejor lee el siguiente tutorial para este tipo de dudas >
Como seleccionar, instalar y personalizar un Template en Joomla.
Cualquier duda pregunta abriendo otro post y que el titulo este relacionado con la pregunta y no escribas en mayusculas.
Saludos