Respaldo de Sitio web

Normalmente suelo respaldar mis sitios web con el componente Akeeba Backup.

Aun así la ultima vez que me hackearon un sitio modificaron el archivo index.php y mi proveedor de hosting me hizo la sugerencia de remplazar el index.php modificado por otro archivo del mismo nombre que estuviera integro.

Dea hi que me surgen dos dudas:

1- Aparte del archivo index.php y configuracion.php que otro archivo me recomiendan respaldar manualmente.
2- Pregunto, los archivos antes mencionados sufren alguna modificacion segun los cambios que se generan dia a dia en el sitio web.