Mootools forma parte del core de joomla 2.5 y se ha escrito mucho sobre la conveniencia o no de tenerlo en el core de joomla. Mas, segun tengo entendido, el archivo pesa bastante y ralentiza joomla, crea conflictos con javascripts como jquery…
Existen plugins que desactivan y activan Mootools a voluntad, otros que lo optimizan > http://extensions.joomla.org/extensions/core-enhancements/performance/mootools
Yo opte por utilizar librerias de Google, que en el caso de mootools, me ayudaron a quitarle peso a joomla y me despreocupo de actualizar.
El plugin en cuestion y la url es Google Ajax Library y lo subo aqui tambien ya que me costa que la pagina falla bastante.
Lo instalas y veras que tienes varias opciones, que incluyen otros a parte de Mootools. A mi me funciona sin problemas.