¿El contenido del texto de la pagina de inicio fue un copia / pega? te lo digo por esto > http://www.sanatoriosanjose.com.py/v1/index.php?option=com_content&view=category&layout=blog&id=36&Itemid=53 , ahi si se ve bien el contenido del cuerpo en la pagina de incio. Deduzco que dentro del contenido tienes etiquetas que no solo no sirven, si no que impiden que se vea el contenido en IE.
Compruebalo cambiando el articulo de la pagina de incio, poniendo por ejemplo este > http://www.sanatoriosanjose.com.py/v1/index.php?option=com_content&view=article&id=103:plan-de-contingencia-ante-brote-epidemico-de-dengue&catid=36:articulos&Itemid=53
O mas simple, copia el contenido del articulo de la pagina de inicio y pegalo en el notepad de windows, vuelve a copiar el contenido desde el notepad, borra todo lo que hay del articulo de la pagina de inicio de joomla haciendo clic en el icono HTML del editor y pega lo copiado del notepad.