Habría que condicionar la aparición de dichos módulos desde el propio código del módulo si es que no existe alguna cosa que lo automatice, cosa que no tengo ni idea.
Se tendría que hacer algo así en el caso de que la publicidad a mostrar sea una porción de código suministrado por terceros:
$user =& JFactory->getUser();
$guest = $user->guest;
if($guest)
{
Código de la publicidad;
}
Si son publicidades depende de que tipo será más fácil que otras, si se trata de banners incluidos en el componente de joomla! com_banners ya tenemos que retocar el módulo que los muestra si son códigos ajenos de publicidad será fácil implementar este sistema con una extensión que nos permita embeber php como jumi.