Algunas dudas

1.- El favicon, no siempre hay que insertarlo dentro de la carpeta de la plantilla, depende del template. En ocasiones se coloca en la carpeta /images otras en la raiz.. Mira en tu plantilla si esta el favicon dentro de la misma.

2.- Si tu plantilla viene con una medidas determinadas es mejor no tocar nada, mas si esta realizada con cascadas de estilo o sea DIV´s y no estas puesto en el tema . Intenta adaptar tu imagen a la original, pasa tu raton encima de la original y dale a tu boton derecho y ver imagen, veras si es gif, png o jpg. Si es gif o png, veras el fondo del logo del mismo color que el fondo de tu navegador. Realiza tu logo con fondo transparente y guardalo con la misma extension gif o png y las mismas medidas de ancho y alto que el logo original. Si es jpg simplemente diseña tu logo con el mismo fondo y las mismas medidas. Te lo comento porque he entrado en tu web y me da un error y no he podido ver nada.

3.-No, no pongas una coma. Y para la descripcion META, pon la primera linea hasta el primer punto, sin el punto final de la linea. Y en lo de Robots, yo no pongo nada, Es posible que tenga que ver con el robots.txt situado en el archivo raiz de Joomla que es el que indica a los espias de los motores de busqueda que apartados NO deben indexar, asi que mejor no pongas nada, al no ser que no quieras que ese articulo sea indexado, aunque de eso no estoy seguro al 100%

Quisiera aclarar el punto final, ese campo robots es para añadir el meta tag robots, joomla! cambia los definidos en la config global y en /libraries/joomla/document/html/renderer/header.php por estos nuevos cuando se abre la página del artículo.

Las variables posibles son (datos obtenidos de DesarrolloWeb.com):

INDEX / NOINDEX
Sirve para indicar si se desea o no permitir la indexación de la página por los motores de búsqueda.

FOLLOW / NOFOLLOW
Con esta directriz se indica si se debe o no permitir a los motores de búsqueda recorrer o seguir recorriendo la web a través de los enlaces que encuentre en el cuerpo del documento.

ARCHIVE / NOARCHIVE
Esto permite decir si deseamos o no que el motor de búsqueda archive el contenido del sitio web en su caché interna. Como habremos podido ver, buscadores como Google tienen una caché y podemos ver las páginas web tal como las tiene cacheadas el buscador. Para ello, en los resultados de las búsquedas aparece un enlace que pone caché. Si decimos que no archive la página, no debería mostrar ese enlace de caché. Esto en realidad, según Google, no evita que se guarde en caché la página, sino que no permite verla a los usuarios del buscador y por lo tanto no muestra el enlace.

SNIPPET / NOSNIPPET
Esta directriz en principio no resulta muy útil, al menos a primera vista. Sirve para que el motor de búsqueda no muestre ninguna descripción de un sitio, sólo su título. Si utilizas NOSNIPPET automáticamente defines un NOARCHIVE, por lo que la página tampoco se mostrará en caché.

ODP / NOODP
Sirve para decirle al buscador que debe, o no, mostrar el título y descripción de la página iguales a los que se encuentra en el Open Directory Project. En algunos casos, algunos buscadores muestran como título y descripción de una web los que se han publicado en el ODP (ENLACE A http://www.dmoz.org/).

YDIR / NOYDIR
Es básicamente lo mismo que ODP / NOODP, con la diferencia que es para que no se pueda, o si, mostrar la descripción y título que aparece en el directorio de Yahoo.

Cuando no existe esta etiqueta los buscadores interpretan las condiciones más favorables para ellos, es decir, que pueden hacer todo lo que suelen hacer con otras páginas a la nuestra, como indexarla, seguir sus enlaces, archivarla, etc.