El problema ya lo he resuelto. Dejo la solución, por si a alguien le sirve de ayuda:
El fallo estaba en la Configuración de la Tienda, donde hay que activar una casilla llamada “Impuesto Virtual”. Yo la tenía sin seleccionar porque me pensaba que era otro tipo de impuesto distinto, pero no. Una activada activada esta casilla se soluciona el problema