Tienes varias opciones antes que tener que modificaqr nada.
1 .-Opcion Seguramente tendras algun tipo de panel de control en tu hosting, como cpanel, por ahi puedes subir cualquier archivo a la carpeta que quieras.
2 .-Opcion Utiliza un programa ftp como filezilla http://filezilla-project.org , conectas con tu servidor y subes los archivos que quieras.
En ambos casos, cuando hayas subido algun archivo el jdowloads, los detecta y puedes ponerlo a descarga.
Muy facil.