Bien, depende de como tienes la web. Si el joomla es 2.5 y actualizas a virtuemart 3, en principio, no deberia darte problema.
Donde si te lo puede dar es cuando tienes un override para personalizar virtuemart.
En tu plantilla Joomla, en /templates/TU_PLANTILLA , tienes una carpeta llamada /html y dentro de la misma debes tener la carpeta /com_virtuemart ademas de algunos módulos de virtuemart del tipo mod_virtuemart_cart , mod_virtuemart_product etc…
Y estas carpetas contienen las extensiones (Componente y Módulos virtuemart) que se utilizan para personalizar el aspecto propio de virtuemart.
Entonces si esos archivos son de virtuemart 2, raro sera que te funcione con virtuemart 3.
Entonces, para comprobar que efectivamente estos son los archivos que te estan causando estos problemas, solo haz de recombrar o eliminar todas las carpetas que esten situadas en /templates/TU_PLANTILLA/html
Luego, leete el articulo Template Overrides Virtuemart 2, que te ayudara a comprender como funciona el sistema para personalizar tu virtuemart 3.
Si despues de hacer lo que te recomiendo, te sigue sin funcionar, ya hay que mirar en otra parte, pero que vamos, ese es un factor alto para causarte problemas.
Saludos