Ah ! ok, no me percate. Quizas el problema sean los contenidos. Seguramente has hecho un COPIA/PEGA en un articulo, recientemente publicado.
La mayoria de las veces, te traes los estilos de la otra fuente, que no son correctas para el editor joomla! y los modulos, o bien se montan encima de los textos, o simplemente se desplazan hacia abajo, dejando el lateral que ocupaba el modulo, vacio.
Para insertar contenidos traidos de otras fuentes como word, otras webs etc… SIEMPRE debemos pasar el contenido por un editor como el NOTEPAD de windows para limpiar el codigo inservible y molesto.
Fijate accediendo al articulo desde la administración y haz clic en el icono HTML del editor y observaras que hay código dentro del articulo que no tiene relación y proviene de la fuente de la copia, sea un word que tu mismo hayas escrito o de una web cualquiera. Este puede ser el motivo.
También que el módulo en cuestión, no este programado correctamente, para la RWD y directamente se monte encima de lo que se encuentre mas cerca, al reducir el tamaño de la ventana del navegador.
No has puesto la URL ¿Verdad?