Si estas en localhost ¿para que instalas desde directorio?. Prueba con akeeba instalando como una extension normal. Respaldas y luego migras.
Aca tienes un videotutorial: http://www.youtube.com/watch?v=m8-vhv1wd5s
Saludos
Subir un joomla de local a una sub-carpeta en servidor web