Si tienes un sitemap generado vuelve a enviarlo y en pocos dias seran indexadas correctamente. Si el problema persiste, accede a tu cuenta google y en “Herramientas para webmasters” busca la opcion “Reconsideracion de posicionamiento” y comentales tu problema.
Si tienes las URL´s amigables con sh404sef revisa tu .htaccess y purga tus urls amigables, no se borraran, solo purgara el sistema para ponerlo en orden.
Aunque google ultimamente me esta volviendo majara a mi tambien. Se indexan webs que ya hace tiempo no existen y demas.