Ya sé que parece increible pero la soloción es sencilla (como muchas veces).
Yo tenia el mismo problema, tenia la instalación Joomla funcionando y de un momento para otro los menús estaban inaccesibles, hasta que me dí cuenta de un pequeño detalle que habia modificado…
¡ Se trataba de los marcadores ! sí increible, ya los sé, pero lo recomprobé, os explico, resulta que entrando como http://www.tusitio.com/Administrator (al loro con la ‘A’ mayúscula), los menús quedaban inaccesibles,
sin embargo con http://www.tusitio.com/administrator (fijaros en la ‘a’ de administrator minúscula) todo funcionaba perfectamente.
El problema esta en que el marcador desde donde accedia tenia la a de administrator mayúscula y así me entraba en Joomla en modo administrador pero los menús no funcionaban.
Espero haber ayudado a alguien con este tema, estas cosas son las que hacen a uno desesperarse.