Tienes que usar un sufijo, igual que joomla! usa _menu o _nav en sus menus tu a los elementos del módulo añadeles algo como _tree por decir algo y en los parámetros del módulo supongo que debe haber un campo donde ofrecer el sufijo.
No se si te he entendido bien en tu planteamiento pero vamos yo estoy haciendo una web en la que cada módulo tiene su css y lo que hago es hacer distintos .moduletable, .moduletable h3
.moduletable_search h3 {
font: bold 14px Arial;
color: white;
background: url(../images/TITULAR_CERCADOR.jpg) no-repeat;
text-transform: uppercase;
padding: 10px 0 7px 10px;
margin-bottom: 5px;
}
.moduletable_news h3 {
font: bold 14px Arial;
color: white;
background: url(../images/TITULAR_NOVETATS.jpg) no-repeat;
text-transform: uppercase;
padding: 10px 0 7px 10px;
margin-bottom: 5px;
}
Eso sería un ejemplo utilizando un solo css, si por el contrario la hoja de estilos del módulo es individual y prevalece el de la plantilla ahi lo que ocurre, una de dos, o bien el css no esta linkado en el head del index.php o bien quien lo hizo uso una sintáxis identica a la Joomla! llevando al sistema a confusión, normalmente esos css individuales usan nombres muy descriptivos para los elementos.