Para no calentarte la cabeza yo tengo una pregunta. ¿La web esta terminada? Si es no pues no la muestres y llevate el joomla a una carpeta. Haces lo que tengas que hacer y cuando acabes, quitas el flash o lo que tengas y vuelves a pasar el joomla a la raiz de tu server. No es complicado, solo debes añadir el nombre de la carpeta a las rutas absolutas dentro de configuration.php y para moverlo desde tu cliente ftp creas una carpeta, seleccionas los archivos y carpetas de tu joomla y los arrastras a esa carpeta, en cuestion de segundos lo tienes trasladado y puedes trabajar tranquilamente.
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