Hola, esto puede ser debido a una actualización desde tu hosting del php/Mysql. las ultimas versiones soportan la codificación UTF-8 por defecto. Seguramente estés utilizando la versión 1.0.15 de Joomla que trabaja por defecto con la codificación que has mencionado. Al actualizar todas las “ñ, á, í y demás” se te han vuelto caracteres no reconocibles. Desde tu phpmyadmin extrae la base de datos y la editas con un software que permita seleccionar la codificación ANSI, como por ejemplo winsyntax o el Notepad++, seguramente cuando selecciones esa codificación los caracteres “raritos” desaparecerán, guardas y vuelves a subir la base de datos a una nueva, cambias los parámetros del configuration.php y listo, con esto debe quedar solucionado.
De todas formas lei en esta web un pequeño tutorial sobre este asunto…. Aqui: http://solojoomla.com/codificacion-utf-8-en-bases-de-datos-joomla-1.5.html