La magia está en el propio estilo de los dos divs que han de estar paralelos, hay que tener en cuenta su anchura con los márgenes que exista entre ellos o uno se sitúa debajo del otro rápidamente al no encontrar hueco.
Si lo quieres hacer en divs deberás usar float: right, float:left si lo haces con una tabla pues con darle un ancho a cada una de las dos celdas se mantendrá la alineación por narices incluso crecerán a la par, a mi si las cosas me funcionan me da igual si el template es tableless como si no, hablo a título personal…
Si es encima del header como creo entender yo le haría directamente a lo rápido una tabla del ancho del contenedor de la web con dos celdas y en cada una cargaba un módulo con mosLoadModules();
También sería adecuado en este caso que hicieras usaras el mosCountModules() para dar un ancho a las celdas de forma que si no existen modulos cargados en una o en otra la celda en cuestion ocupe todo el ancho.
Algo así como <td >
Además en joomla 1.0.x no había eso de position en el xml se debían incluir los nuevos nombres de posiciones desde el administrador como dice tuxmerlin sabiamente, si lo dije en otro post es pq se me esta olvidando ya el joomla 1.0.x, perdón.