Si ya tienes la ubicación de los módulos en la plantilla pero estos no aparecen para configurarlos, lo que tienes que hacer es crearlos desde el backend.
Vas al menú “Sitio –> Administrador de plantillas –> Posiciones de los módulos”.
Si no tienes los módulos en la plantilla ahi se complica porque tienes que poner esos códigos que indicaste dentro de los “divs” de la plantilla dónde serán mostrados. Pero aquí lo más probable es que te despelote toda la plantilla porque seguramente no fueron contemplados durante su creación, entonces hay que recrear la plantilla completa. 🙁