Si, empieza de cero si no lo tienes muy avanzado. Y si tienes copia limpia mejor que mejor. Y hecha un ojo a este contenido sobre este software detector de vulnerabilidades en Joomla > http://solojoomla.com/joomlascan-software-detector-de-vulnerabilidades-joomla.html
Luego, una lectura recomendada > http://solojoomla.com/hagamos-de-nuestro-joomla-un-sistema-mas-seguro.html Comentarios incluidos.