Los usuarios se gestionan desde el administrador. Fijate accediendo al admin en Sitio / Configuracion Global veras las opciones de registro de las que dispones, como por ejemplo que el usuario se registre pero que no reciba email de activacion y que el administrador sea en encargado de activarlos o no.
Existen soluciones para que desde el admin puedas restringir una serie de parametros para que el que acceda solo pueda gestionar partes del admin. En el JED tienes una cuantas opciones : http://extensions.joomla.org/extensions/access-a-security/backend-a-full-access-control o directamente desde solojoomla, en un articulo publicado aqui : http://solojoomla.com/acl-joomla-noixacl-control-de-acceso-y-privilegios.html