Hola
Desde mi punto de vista tal y como subiste los archivos no es la forma correcta y segura de subir archivos.
Prueba empaquetar los archivos a subir ej. misitio.zip, borra todos los archivos de tu servidor, sube el “misitio.zip” al servidor y luego te vas al administrador de archivos de tu CPanel descomprimes “misitio.zip” y ya esta.
Esta seria la forma más correcta, rápida y segura.
Si por algunos motivo puedes extraer “misitio” en el mismo servidor primero borra todo antes de subir nada.