Cuando haces un rastreo para validacion, lo puedes y debes hacer, no solo en la pagina de inicio, si no en todas tus paginas. Para saber que esta fallando lo primero no es ir a la pagina de inicio si no a cualquiera de los contenidos que tengas y empezar con un rastreo de validacion, asi te aseguras poder ver errores en forma mas reducida y asi poder determinar de forma mas sencilla que puede estar fallando o estar mal. Modulos, Plugins… todas las extensiones son suceptibles de poder no validar. Empieza por desactivar extension por extension (modulos, plugins, componentes) que se muestran en esa pagina y comprobar si los fallos son los mismos en cada desactivacion, asi iras eliminando posibles. Por ultimo comprueba el texto ediando el codigo html dentro del editor que estes utilizando, para ver si tienes algun div no cerrado etc…
En este post http://solojoomla.com/foro/joomla-en-general/validacion-w3c-joomla.html tienes algunas indicaciones.
Podrias seguir el post mencionado apuntando nuevas extensiones suceptibles de fallos o no, nos servira a todos.