El sh404SEF y el JoomSEF hasta llegar a la version 3.0 tambien daba este mismo problema, ahora solventado. Este es uno de los motivos por los que deje de utilizar componentes para URL´s amigables.
Luego lei aqui este contenido > Redireccionar errores 404 en Joomla! que me dio una alegria que ni te cuento.
Prueba desactivando las URL´s amigables para estar seguro que esta relacionado.