Ciao
Te diré lo que yo haría:
Web local
Me descargaría e instalaría Joomlapack y haría un backup del sitio
Servidor remoto
Borraría lo que has bajado: carpetas, archivos y tablas de mysql
En Mysql remoto dejaría el cotejarmiento de la Bd igual que el cotejamiento que tienes en local
Descargaría el backup de Joomlapack en remoto y lo restauraría
Y me olvidaría de importaciones, traslados, permisos de carpetas y lo demás