Lo has hecho bien, ya tienes copia de todo. Para la proxima no te descargues los archivos de joomla incluyendo la carpeta httpdocs, creas una carpeta en tu ordenador y seleccionas todo lo que hay dentro de httpdocs.
Ahora crea una carpeta en tu hosting (la llamas como te de la gana) y subes todo lo que hay dentro de httpdocs de tu ordenador (sin subir la carpeta httpdocs, solo lo que hay dentro) . En configuration.php que esta en la raiz de tu joomla, antes de subir los archivos de la copia a la carprta editas el archivo de la copia configuration.php y ,le añades el nombre de la carpeta que has creado en tu hosting a las rutas absolutas que son estas dos
var $log_path = '/home/Tu usuario/public_html/Tu dominio.com/Nombre de la carpeta que has creado/logs'; las tienes sobre las lineas 18 y 19. Luego en el archivo virtuemart.cfg.php que esta en tambien debes añadir el nombre de la carpeta /administrator/components/com_virtuemart sobre la linea 34 mas o menos tienes la siguiente linea
var $tmp_path = '/home/Tu usuario/public_html/Tu dominio.com/Nombre de la carpeta que has creado/tmp';define( 'URL', 'http://tudominio.com/Nombre de la carpeta/' ); Guardas y subes todo. Comprueba que la copia de la base de datos esta bien, quiero decir que la puedes extraer del archivo comprimido y puedes editarla. ¿Porque? Pues porque algunas veces es posible descargarse el archivo y que este corrupto por cualquier motivo.
Empieza por ahi.
Cuando lo tengas todo subido seguimos