Alessa,este problema te ocurre desde el cambio del código o de antes también?.
Pero es raro porque si haz puesto todo cómo estaba al principio,no tiene por que darte fallos.Aunque ya sabes que el navegador para burritos y super novatos no funciona bien hace muchos años y casi no soporta todos los nuevos avances en temas de código.
P.d: Lo mejor es que busques un plugin que hay para Joomla,que cuando algien accede a tu web desde el IE,le salta un popup que puedes configurar y dice: “NO SEAS NOOB Y BURRO,CAMBIA A UN NAVEGADOR PROFESIONAL””””