Gracias por la respuesta pero aunque ya habia probado la cache tanto activada como desactivada lo he vuelto a corroborar y nada. Todos los modulos siguen igual se muestran, pero no funcionan.
Sigo pensando que es problema de virtuemart ya que en la web todos los items estan definidos con su estilo pero dejandolos tal y como estan y cambiando por ejemplo el tipo de item de menu de inicio que es donde tengo los modulos por el tipo virtuemart, funcionan, y en cualquier otro tipo no.
Saludos