Por lo que comentas es que la cabeza tu web solo la ves en la pagina de inicio. Bien, y la cabecera, imagino que contendra una imagen, con un texto o cualquier otra cosa.
¿Entiendes que con joomla NO necesitas crear “paginas” desde la plantilla, mas que un INDEX.PHP con alguna otra posible que contenga información extra, y que desde ese archivo php, lo tienes TODO CONTROLADO?
Creo que seria conveniente que te leyeras algun tutorial sobre creación de plantillas joomla para dejar claros algunos conceptos.
El encabezamiento o el HEADER, puede ser fijo o pertener a una POSICION y lo debes dejar programado desde ese archivo index.php, aunque hay quien lo mete un archivo especifico, lo que no deja de ser una opción.
Y te voy a dar un consejo que seguramente no te guste pero que agradeceras con el tiempo y es donde creo que radica tu problema principal.
Tira a la basura el Dreamweaver si quieres crear plantillas joomla a mano. El mismo suele generar codigo adicional sin que te des cuenta, y es por ahi donde es posible que tengas el problema. Hace unos 6 años me sucedio algo por el estilo.
Es que me acabo de dar cuenta de que las capturas de tu post son capturas desde Dreamweaver.
Pillate el Notepad ++ y despues de guardar una modificación con dreamweaver, edita el archivo modificado y fijate bien si no hay codigo añadido que no te suene.
Me piro a cenar con la familia 😉
Saludos