Madre mia!! todo el tiempo que he perdido y cuando me decido a pedir ayuda aqui me viene la inspiracion. Ya lo he solucionado y funciona.
Al parecer como comentaba antes solo me creaba las tablas pero no me subia ninguna carpeta al raiz, he instalado las tablas y despues he subido uno por uno los ficheros y arreglado. Tuve que hacer lo mismo con el otro .zip porque tampoco me las subia.
Muchas gracias por tu tiempo redlo.
Un saludo