Ciao
Desde hace cuatro años tengo mis webs en un Vps con Plesk (he cambiado un par de versiones del panel) y nunca he subido los archivos desde el file manager sino via ftp (1).
Ahora bien, e inmdependiente de lo anterior, los permisos de archivos y carpetas son de Linux y los reparte Linux, no Apache, ni Plesk. y, a parte que linux (root) y Apache son propietarios, los demás somos lo que haya dicho el que ha configurado el servidor que seamos (más sobre permisos de archivos y carpetas), osea owner u others, porque si tu tienes acceso al terminal de Linux, haces un chown y cambias el propietario de las carpetas y los archivos, lo que pasa és que los de los servicios técnicos no quieren cambiar y te largan el cuento.
Y sandokan tiene un problema de servidor, porque no puede ser que abra 30 discusiones como ha abierto sobre problemas de instalación de extensiones, no és tan incapaz.
(!) y mis index.php (root y template) tienen permisos 440 y funcionan tan ricamente, a la salud de los que dicen que los permisos tienen que ser 644.