Bueno, de primeras, joomla 2.5 ya no recibe actualizaciones, y virtuemart va por la versión 3.0.16. Yo te diria que primero hagas una copia de seguridad completa, y lego actualizaria al menos hasta la versión 2.5.28 de joomla.
Es arriegado ponerse a tocar nada online, mas si se trata de una tienda online con tantos productos.
Se que el usuario Redlo ha hecho migraciones con tiendas de mas de cinco mil productos con exito y tiene bastante experiencia en estos temas.Si quieres y tienes presupuesto para ello, le puedes enviar una petición desde su web .