Cuando instalas virtuemart 2 se te muestra una opcion de actualización pero de momento no te lo recomiendo. Espera a la version 2.0.1 de virtuemart que no tardara mucho en ser versione estable.
Luego, la migración debes hacerla primero desde joomla 1.5, ya que virtuemart 2 es valida para joomla 1.5. Una vez migrado, entonces te pasas de joomla 1.5 a joomla 2.5.