Que se haga en la Raiz o no, NO es ningun inconveniente. Utilizando tu cliente FTP puedes crear una carpeta nueva para instalar joomla 2.5. Una vez realizados todos los pasos, es cuestion de seleccionar todo lo de la raiz y meterlo en una carpeta llamada copia antigua, salvo la carpeta de tu joomla 2.5. Con lo de la raiz trasladado a la carpeta de copia, accedes a la carpeta de tu joomla 2.5.x nuevo y señalas todo el contenido para luego arrastrar todo a la raiz. En cuestion de segundos, tendras tu joomla nuevo en la raiz. El ultimo paso es editar el archivo configuration.php y eliminar de las dos rutas absolutas el nombre de la carpeta del joomla nuevo. Nada mas.
Esto es posible debido a que Joomla! no conserva la raiz del dominio cuando se genera un enlace interno.. Hacer esto con por ejemplo WordPress, no es posible.