Gracias nuevamente!
La solución la he conseguido mas o menos con lo que tu me has dicho….
Lo que hice fue montarme una maquina virtual con un php y mysql (antiguos) exactamente tirando de la version de XAMPP 1.6.6, luego edite todo el archivo sql que tenia de la copia de seguridad de la web Joomla! 1.0.x y reemplazar todas las linias mos_ por y6z4i_ e importarla en una nueva base de datos en phpmyadmin
Monté la web Joomla! 1.0.x diciendole que fuera a a buscar esa BDD nueva con prefijos y6z4i_ en vez de mos_
Luego instale el com_migrator, migre a 1.5 y despues migre a 1.6, una vez migrado a 1.6 exporte las tablas correspondientes a los usuarios del phpmyadmin, y las importe en mi nuevo web de 1.6 que ya tenia creada y buala! 🙂
Gracias por la respuesta y espero que esto sirva para mas gente…
Un saludo!