Si, suele suceder cuando desinstalas alguna extensión que usa la BD, esta deinstalación desde la administración de Joomla no borra las tablas.
Si no la vas a usar más elimínalas.
Para asegurarte que estas borrando las correctas, mira dentro del archivo XML de instalación de aquella que instalaste para saber cuáles tablas creó, dentro de ese archivo veras algo como: “create table….#_nombredelaextension”….
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