A ver, he leido por encima tu problema y si, tienes razon al decir que se pierde la asignacion del menu ya que estas trabajando en un directorio que no es la raiz de joomla, sin embargo las urls si lo son ¿Dime si es correcto lo que comento?
Si es asi, deberias buscar otra solucion a la que empleas “por exigencias del guion”.