Tener una web cuya portada tenga enlaces a la misma web en otros idiomas no es aconsejable.
Todos los manuales SEO recomiendan esto.
Lo ideal es tener un dominio para cada idioma pero sino puedes, al menos puedes tener un subdominio para cada uno de ellos del tipo:
es.midominio.com (para español)
fr.midominio.com (para francés)
en.midominio.com (para inglés)
etc…
Y tendrías que tener un joomla para cada idioma.
La ventaja es que puedes crear el principal y luego “copiar” la instalación en los subdominios.
Es más, hasta puedes usar la misma base de datos cambiándole el prefijo y6z4i_ por jes_ en español, jfr_ en frances, jen_ en inglés.
Cambiarle el prefijo es fácil, solo haz un backup desde phpmyadmin de la base de datos original
Luego la editas con cualquier editor de texto, le cambias el prefijo a las tablas y la subes nuevamente.
A la misma copia le vuelves a cambiar el prefijo y la importas nuevamente con phpmyadmin.
Y así hasta completar los idiomas que quieres.
Luego, cada joomla tendrá sus propios contenidos, estará en tablas separadas dentro de la base de datos y podrás posicionarla mejor en Google, Yahoo, etc.
Además no te olvides que el trabajo de SEO, no solo es esto, sino que incluye palabras clave, meta descripciones y demás. Y deberás tener cada uno de estos elementos en su propio idioma.