Los codigos que adsense te proporciona no se deben colocar editando el index.php de tu plantilla. Haz lo siguiente, renombra el index.php y sube de nuevo el index.php limpio. Para introducir publicidad de adsense se utilizan plugins y modulos. http://extensions.joomla.org/extensions/ads-a-affiliates/google-ads o bien utilizando un modulo para insertar codigo –> http://solojoomla.com/modulos-joomla-1.5.html
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