En mi caso no era esto. Despues de unas cuantas horas y viendo que la saturación de CPU era debido a errores en consultas SQL, hemos encontrado un script milagroso que ha arreglado el problema. Se vé que es un problema común después de una migración, sobretodo si el numero de artículos en joomla es muy grande (mas de 1000).
Te dejo el enlace que me ha salvado la vida.
https://github.com/ikajaste/Joomla-2.5-Asset-Weaver
Saludos