Lo puedes desinstalar sin problemas ya que no es un componente que te sirva para guardar datos. Prueba desinstalarlo e instala la nueva version.
De todos modos, si lo necesitas para tema de permisos, te dire que si es para el caso de una plantilla o extension, con joomla 2.5 puedes por ejemplo evitar utilizar instalar desde extensiones / gestor de extensiones.