Jupgrade lo que hace es migrar unicamente los componentes propios de la instalacion de Joomla, con las extensiones de terceros tendrias que ver si ya hay disponibilidad para poder migrar a la 1.7, por darte un ejemplo algunas extensiones antes de migrar con Jupgrade las actualizas para que al migrar sean compatibles con la 1.7, respecto a la template tendrias que actualizarla, ya muchas de las templates de paga ya tienen su version 1.7
Pero entrale sin miedo, lo que hace Jupgrade realmente es hacer una copia de tu sitio en otra carpeta instalando Joomla 1.7 por lo que si migras podras ver como queda y hacer las correcciones necesarias y ver si es viable la migracion.
**OJO** antes de hacer la migracion si te recomiendo hagas un backup de tu actual sitio con Akeeba por aquello de las moscas
Saludos…