Por seguridad tenias que haber separado los dos joomla! en dos bases de datos independientes…
en principio si usamos la misma base de datos y en el primer joomla! dejamos el prefijo de las tablas con _jos y al segundo le ponemos _jos2 no tienen que interefir, el acceso a datos con la api de joomla! se hace usando #__ antes de la tabla en las extensiones que requieran conexion a la base de datos y joomla! toma dinamicamente el prefijo configurado, el problema viene cuando una extensión no ha usado completamente la api de joomla y al desarrollador le da por poner y6z4i_ entonces ya se actualizaria la primera no la segunda.
un ejemplo de seleccion de datos en joomla! 1.5 seria:
$query = “SELECT * FROM #__content WHERE id = 21”;
Ahí se respetará el prefijo del joomla en el que estamos operando pero si se escribiera:
$query = “SELECT * FROM y6z4i_content WHERE id = 21”;
Seria el primer joomla el afectado aun estando en el marco del segundo joomla!