Hola Juanpi, si usas Joomla 2.5 puedes ir a “Configuracion Global” y en la pestaña “Sitio” encontraras “Configuración de los metadatos” allí hay una opcion que se llama “Robots” selecciona lo que necesites.
Con la instruccion de Herramientas de Webmasters por lo regular entran en efecto 48 horas despues, aunque no es una garantia.
Y lo que me ha funcionado para que Google no indexe el contenido de Joomla y solo muestre mi Dominio es subir un index.html a la raiz del Hosting, solo asegurate que el server tenga prioridad de lectura sobre los .html antes que los .php
Cualquier duda a la orden, saludos…