Akeeba Backup yo diria que es bastante sencillo pero para personas acostumbradas a manejar el Phpmyadmin es mil veces mas sencillo y rapido.
A lo que a mi respecta el estar acostumbrado a manejar PhpMyadmin y tener acceso a la tablas en caso de problemas, exportar tablas de una extension y demas, es mejor phpmyadmin desde siemrpe, es mas limpio y te ayuda a comprender el funcionamiento de Mysql con Php. No es nada complicado.
http://solojoomla.com/como-hacer-un-backup-de-joomla-completo.html – lee a partir de “2- Usando al dios phpmyadmin:“