Si, son muchas preguntas, pero que se pueden resumir en una sola respuesta. Debes averiguar las posciones. Simple >
http://www.arteyciencia.es/index.php?tp=1 | http://www.espaciodircom.com/index.php?tp=1
Una vez sabes donde estan las posiciones, solo debes colocar el modulo indicado.
Advertencia: Para crear nuevas posiciones con su clase correspondiente y demas ya es otra historia
http://solojoomla.com/como-anadir-una-cabecera-encima-de-los-contenidos-de-la-pagina-de-incio-joomla.html | http://solojoomla.com/realizar-plantillas-para-joomla.html