Para usar Mootols o cualquier otro script dentro de Joomla, solo tienes que cargarlo desde el index.php de la plantilla, dentro de las etiquetas HEAD como cualquier otro javascript.
Luego, en el mismo archivo o donde sea (un artículo por ejemplo) cargar el código javascript que lo utilice. Es así de simple.
Cómo hacer que aparezca la fecha en cualquier template solo debemos crearle un espacio dentro de él.
Por ejemplo en un DIV o un P.
Tomando como ejemplo la plantilla Ja Teline, el código que iría dentro de ese DIV o P, sería este:
< ?php
setlocale(LC_TIME, "es_ES");
echo "".strftime('%a')."";
echo ", ".strftime ('%d')." ".strftime ('%b')."";
? >
(ojo, hay una separación entre los y ? para poder poner el post)
Luego, solo hay que darle estilo en el CSS con las clases definidas.