Un consejo para que te ayude de momento. Cuando instalas joomla 2.5 por defecto esta activado la opción de URLs amigables en Sitio/Configuración Global en el cuadro URLs amigables, desasctivalo para observar la URL REAL de los articulos y demas.
De hecho es aconsejable que lo hagas hasta subir la web a remoto, ya que si generas enlaces internos, para luego cambiar esas urls a amigables, y para que sea asi debes emplear .htaccess para evitar el /index.php/ intercalado, cuando generes esas urls, al disponer de los enlaces originales, sea cual sea las urls generadas, los enlaces internos seran respetados y no tendras errores 404.