Prueba primero purgando y limpiando la cache desde herramientas del admin de joomla. Si el problema persiste deberas desactivar las URL´s amigables desde Sitio / Configuracion Global en Parámetros de optimización de SEO y poner de nuevo .htaccess como htaccess.txt Aunque no estoy bien seguro que lo hayas desinstalado como es debido, despues de seguir viendo index.php intercalado en las direcciones. Si no se han eliminado las tablas al desinstalar, ve a tu phpmyadmin, accedes a tu base de datos y eliminas las tablas y6z4i_sef_xxxx
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