En realidad no es necesario crear una plantilla de joomla ya que esto no aplica, mas bien lo que se debe de hacer es migrar toda la informacion del sitio original al sitio clonado.
Por eso comento que a qui todo el trabajo va hacer desde Phpmyadmin, Mysql, y El gestor de Filezilla para subir toda la informacion.
Lo que preguntaba era, Cual es el proceso correcto para realizar esto.