Artisteer esta muy bien para quien no conoce bien la programación para una plantilla Joomla, pero tiene este tipo de deficiencias . En el index.php que se te genero, editalo y mira si entre las etiquetas … tienes algo asi.
<link href="baseurl ?>/templates/template ?>/css/template.css" rel="stylesheet" type="text/css" />
<link href="baseurl ?>/templates/template ?>/css/menu.css" rel="stylesheet" type="text/css" />
Fijate que estas lineas lo que hacen es apuntar a archivos de estilo, donde puedes ajustar no solo el estilo de los enlaces, si no todo el estilo de una plantilla joomla. Ahí es donde debes cambiarlo. En el archivo template.css, esta normalmente ubicado en /templates/nombre_plantilla/css pero con artisteer ni idea.
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